همزمان نبودن فصل بودجه سازمان با بودجه دولت:
فصل بودجه سازمان از اوایل تابستان شروع و تا اوایل دی ماه ادامه پیدا می کند( مطابق قانون، بودجه سالانه سازمان می بایست تا اوایل دی ماه هرسال تقدیم شورای عالی گردد) حال آنکه فصل بودجه دولت از نیمه دوم سال شروع و تا اواخر سال نیز ادامه پیدا می کند. بعبارتی فصل بودجه سازمان زودتر از فصل بودجه دولت آغاز و قبل از فصل بودجه دولت، پایان می یابد. از سوی دیگر عملکرد سازمان بشدت از محیط بیرونی خود تاثیر پذیر است و محیط اقتصادی و اجتماعی کشور به شدت بر عملکرد سازمان تاثیر گذار است.
اما بسیاری از متغیرهای اثر گذار بر بودجه سازمان نظیر سیاستها و خط مشی های اقتصادی، بودجه های عمرانی ( که بشدت بر عملکرد سازمان تاثیر گذار است)، میزان برخی از متغیرهای اقتصادی نظیر ضریب حقوق و دستمزد در بودجه سالانه سازمان، مشخص می گردد . بعبارتی بودجه سازمان بدون اطلاع دقیق از این سیاستها و نرمها، تهیه و تدوین گردیده است که مسلماً تدوین بودجه بدون اطلاع دقیق از عوامل اثر گذار بر آن، بودجه ای منطبق بر واقعیت نخواهد بود و در عمل با انحرافات زیادی مواجه خواهد بود.
علاوه بر آن، میزان برخی از شاخص های مهم اثر گذار بر منابع و مصارف سازمان نظیر میزان افزایش واقعی دستمزدها، میزان حداقل دستمزد، میزان افزایش مستمری ها، تعرفه های درمانی و ... بعد از فصل بودجه سازمان و بعبارتی در آغاز سال مالی بودجه، مشخص خواهد شد و به این دلیل که در زمان تهیه و تدوین بودجه سازمان،میزان واقعی این متغیرها مشخص نیست، لذا بودجه عملکردی از بودجه پیشنهادی انحراف زیادی خواهد داشت.
عدم در نظر نگرفتن کلیه عوامل تاثیر گذار بر بودجه :
همانگونه که عنوان شد هم مي تواند از وضعيت اقتصادي كشور تاثيرپذير باشد و هم مي تواند بر وضعيت اقتصادي كشور تاثيرگذار باشد. متغيرهاي كلان اقتصادي و اجتماعي نظير, اشتغال, بيكاري, تورم, ويژگيهاي جمعيتي و.... از جمله مهمترين متغيرهاي كلان كشوري مي باشد كه بر عملكرد تاثيرگذار مي باشد. از طريق سرمايهگذاريهاي خود در بخشهاي مختلف اقتصادي كشور, ايجاد اطمينان خاطر در نيروي كار كه خود از جمله عوامل موثر بر بهره وري نيروي كار مي باشد, تحت پوشش قراردادن شاغلين بيكار شده و ... مي تواند بر عملكرد متغيرهاي كلان كشوري تاثيرگذار باشد.
اما در تدوین بودجه، همه متغیرهای اثر گذار بر بودجه سازمان لحاظ نمی گردد. برخی از متغیرهای اقتصادی و اجتماعی نظیر ویژگی های جمعیتی، اشتغال، بیکاری، ویژگی های منطقه ای، سرمایه گذاری های بخش خصوصی و عمومی،و ... بشدت بر عملکرد سازمان در بخش منابع و مصارف تاثیر گذار است ولی در زمان تهیه و تنظیم بودجه به این عوامل توجه نمی شود. بعبارتی شاخص های مورد استفاده در تهیه و تدوین بودجه کفایت لازم را ندارند و تاثیر متغیرهای کلان کشوری بر عملکرد سازمان و بودجه سازمان کمتر مورد توجه قرار گرفته است و بودجه سازمان بدون در نظر گرفتن این عوامل تنظیم می گردد.این امر باعث می شود که بودجه سازمان، بودجه ای منطبق بر واقعیت نباشد و در عمل بودجه با انحراف زیادی مواجه باشد.
عدم توجه به نقش حساس بودجه در سازمان:
همانگونه که عنوان شد بودجه در سازمان ها می تواند کارکردهای مختلفی نظیر کارکرد مدیریتی، برنامه ریزی و راهبردی داشته باشد. اما در امر بودجه ریزی سازمان به هیچ یک از این کارکردها، توجه نمی شود و از بودجه در امور برنامه ریزی، مدیریت و ... استفاده نمی گردد. همانگونه که عنوان شد سیاستگذاری، برنامه ریزی و بودجه ریزی سه مقوله ای می باشد که می بایست در ارتباط تنگاتنگ با یکدیگر باشند و بودجه سالانه بر اساس این سه محور صورت گیرد. به عبارتی می بایست راهبردهای کلان تدوین گردد و درادامه معاونت های مختلف می بایست برنامه های خود را بر تحقق اهداف فوق تدوین کنند و در پایان بودجه بر اساس برنامه های تدوین شده معاونت ها، تهیه و تدوین گردد. در برنامه زمان بندی تهیه و تنظیم بودجه((CPM، روند فوق تا حدودی رعایت شده است . بر اساس این برنامه زمانبندی( که شرح ان در قسمت های قبلی آمد) ، در مراحل اولیه تهیه و تنظیم بودجه، راهبرد ها و خط مش های کلان و بخشی سازمان مشخص می گردید و درادامه بودجه سالانه سازمان تهیه می گردید، هر چند که در هیچ یک ازاین سالها، ارتباط منطقی و معنی داری بین بودجه و راهبردها و خط مشی های سالانه مشاهده نمی شد. اما طی دو سال اخیر همین ظواهر هم رعایت نمی گردد و بدون اینکه راهبردها و خط مشی های سالانه مشخص گردد، بودجه سازمان تهیه شده است.بعبارتی حتی در ظاهر نیز، چیزی بعنوان برنامه سالانه سازمان، تهیه نگردید. هر ساله قبل از آغاز فرآیند تهیه و تنظیم بودجه سالانه سازمان، ستادی به نام ستاد برنامه و بودجه تشکیل می شد و در جلسات این ستاد، راهبرد ها و خط مشی های سالانه سازمان و معاونت های مختلف مشخص می گردید. متاسفانه در دو سال اخیر هیچگاه جلسات ستادی برای تدوین راهبردها و خط مشی های سالانه سازمان تشکیل نگردید. این امر به معنای این می باشد که برای سازمانی با این حجم و گستردگی فعالیت، هیچگونه برنامه و هدف مشخصی مد نظرنبوده است و یا بعبارتی برای سازمانی با این حجم فعالیتی، مدیران ارشد آن هیچگونه احساس نیازی به وجود هدف و برنامه برای سازمان، نشده است. حال اینکه بودجه،زمانی بودجه ای کامل و جامع می باشد که در راستای هدفی مشخص و تحقق ان هدف پیش رود، در غیر اینصورت بودجه معنا و مفهوم خاصی نخواهد داشت.
در این راستا اعتقاد بر این است که دلايل ناکارائي نظام هاي بودجه اي، بيش از اينکه به شيوه هاي فني بودجه نويسي و يا مديريت اجرائي برنامه هاي يکساله بستگي داشته باشد، ناشي از عدم تصمیم گیری صحیح و وجود اختلاف نظر ها در سطح بالاي تصميم گيري براي تخصيص منابع مالي است. به همين دليل عنوان می شود که اصلاح نظام بودجه نويسي کشورها و سازمان ها بيش از آنکه به شيوه هاي فني و توانمندي کارشناسان بستگی داشته باشد، به نیات، خواسته ها و هدف گذاری های مدیران ارشد بستگی دارد.
به همین دلیل براي اصلاح نظام بودجه نويسي کشور لازم است در بالاترين سطح تصميم گيري سازمان ها ، اشتراک نظري در خصوص کارآمد کردن نظام بودجه اي به وجودآيدکه البته به معني شفاف کردن فرايند هزينه ها، رعايت اکيد انظباط مالي، تاکيد بر رعايت اولويت هاي راهبردي در تخصيص منابع و بهبود شيوه هاي مديريت اجرائي منابع مالي بخش عمومي است.بدون اصلاحات فوق ، تاکيد صرف بر تغيير شيوه هاي نگارشي و گزارش دهي سند بودجه و مکانيسم تنظيم فرايند بودجه، به حل مسائل بنيادي بودجه ريزي نخواهد بود.